|
| |
|
| |
|
|
|
Opgepoetst | 7-10-2018
Multiplexe testmethode ziet alles
'Stel, een laboratorium wil weten of een bacterie een bepaald resistentiegen bezit dat hem bestand maakt tegen een antibioticum', zegt Jeroen van Dijk van het Wageningse RIKILT - Instituut voor Voedselveiligheid. 'Het is niet moeilijk om dat te bepalen. Maar als dat lab van alle bacterien in een product alle resistentiegenen wil weten, dan heeft het een probleem. We hebben geen eenvoudige analysemethoden voor zulke complexe klussen. Dankzij de Kennisbasisgelden van LNV hebben we die kunnen ontwikkelen.'
De Voedsel- en Waren Autoriteit en de Europese Unie vragen steeds vaker om complexe analyses, ofwel multiplexe analyses. Bevat veevoer bijvoorbeeld genetisch gemodificeerde componenten die Brussel niet heeft goedgekeurd? De kans daarop is niet denkbeelding. Van de honderd bekende gengewassen die wereldwijd op de akker staan heeft de EU er maar twintig voor gebruik goedgekeurd. Er is dus vraag naar een test die de aanwezigheid van de overige tachtig kan aantonen.
'Het probleem waar we bij de ontwikkeling van zo'n complexe analysemethode tegenaan lopen, is dat de stukjes DNA die we willen aantonen maar een minuscuul stukje van ons monster uitmaken', zegt Van Dijk. 'We moeten het signaal van die genetische fragmenten bij wijze van spreken eerst versterken door ze te vermenigvuldigen. We gebruiken al jaren technieken waarmee we zulke vermenigvuldigingen uitvoeren, maar als we die benutten voor meerdere signalen tegelijkertijd, dan concurreren een of twee signalen alle andere weg.'
De oplossing van dat probleem kwam neer op het inbouwen van een nieuwe stap in het analyseproces, nog voor de moleculaire vermenigvuldiging. Moleculaire structuren - padlock probes - maken zich vast aan de te vermenigvuldigen stukjes erfelijk materiaal. Het proces van vermenigvuldiging van het moleculaire signaal maakt geen onderscheid tussen de verschillende padlocks, waardoor er geen concurrentie meer is tussen signalen. Een DNA-chip meet vervolgens de genen in het monster.
'We richten ons op dit moment op resistentiegenen van pathogenen en genconstructen van genetisch gemodificeerde organismen', zegt Van Dijk. 'Uiteindelijk willen we toe naar een chip waarmee we alle bekende resistentiegenen en genconstructen kunnen aantonen. En als deze techniek eenmaal werkt, kunnen we er ongetwijfeld nog veel meer mee.'
Kennis On Line, 27 mei 2008.